تأسست رابطة الكنائس المعمدانية في إسرائيل سنة 1965 وتسجلت في إسرائل كجمعية غير ربحية (עמותה). يتم التعامل مع تمويل الرابطة بإسلوب واضح وذو مسوؤلية تحت إشراف محاسب قانوني معتمد بحسب قوانين الدولة.
وفقاً للتقاليد المعدانية، تعقِد الرابطة إنتخابات للعاملين فيها كل سنتين، مع الممثلين عن تصويت الأشخاص في الإنتخابات.
رابطة الكنائس المعمدانية في إسرائيل عضو في التحالف المعمداني العالمي والاتحاد المعمداني الأوروبي (European Baptist Federation).
ولديها علاقة أخوية مع الإتحاد المعمداني في بريطانيا العظمى.